1、管理制度方式不同。由于其灵活性，管理制度和方式会与公办上面有很大的区别。比如在制度的另加和制定上面，民办院校可以切身的根据自己的情况来制定适合自己学校情况的制度和管理方式。
2、师资力量不同。公办院校与民办的区别还在于师资上面的不同，公办院校的师资一般要比民办的好，而且好很多，这点是由于其学校性质所决定的。公办可以享受的师资待遇与民办的自聘自费是有很本质的区别，也是很多家长所顾忌和顾虑到的，就目前的情况来说，民办的师资短板已经在渐渐的缩短了。
3、社会认可度不同。民办的本科，大部分是三本院校，好一些的是二本院校；一般来说，民办的学生在高考时成绩的不算太好。在毕业时虽然同是本科学历，都拥有学士学位，但是这难免会有一些人的有色对待，这点在现实中是比较常见的。
4、办学性质不同。民办本科和公办本科存在办学性质不一样，学历证书都统一由国家教育部颁发，学校无权颁发学历证书，其本科毕业证和学士学位证书都可以在教育部网站查实。
5、组织不同。公办大学，是指由国家举办的学校，其办学经费全部来自国家财政拨款。而民办高校是指企业事业组织、社会团体及其他社会组织和公民个人利用非国家财政性教育经费，面向社会举办高等学校。
6、经费和学费不同。民办本科院校的办学经费，主要是靠社会组织或个人的出资、其他组织和个人的捐助、收取学生的学费。这是民办本科院校与公办本科最根本的区别。民办院校收取学生的学费，是学校办学经费的主要来源，所以，民办院校的学费一般比较高，入学后的住宿费什么的，也比较高。目前我我国民办本科院校中，学费最低的是每人每年10000元，学费高的达到十几万元每人每年。公办本科院校的办学经费，主要是财政性资金的投入和收取学生的学费。其中财政性资金是主要来源，收取的学费只是辅助。公办本科院校的学费，少的不到每人每年4000元，多的每人每年6000多元。
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