底滤鱼缸的原理是让鱼缸中的水流入过滤设备中，接着通过物理与生物两个过滤区过滤，再由水泵抽回鱼缸中。当鱼缸里的水位过高时，就会有水进入溢流区。溢流区与下面的过滤设备连着。多出来的水进入过滤设备，然后经过其中物理区、生化区的过滤净化，流入水泵区。水泵区中有一个水泵，再将这些水抽回鱼缸中就完成了过滤。
底滤是鱼缸过滤方式的一种，可以为滤材提供的空间最大，有利于硝化细菌的培养，缺点是体积巨大，要占用鱼缸底柜空间并且对水泵要求较高。通常设有物理过滤区、生物过滤区、器材区、沉淀仓。底滤缸通常隐藏在底柜里面，整体看起来美观整洁，换水等操作可以在底缸进行，可以明显的减少对缸内鱼只造成的影响。
底滤鱼缸的优点：底滤为滤材提供的空间最大，所以处理能力是最强的(注意不是效率)。有利于硝化细菌的培养。一般来说底滤有3格或者4格，滤材的摆放顺序为：第一格，白棉、藤棉，第二格；细菌屋、陶瓷环、玻璃环、滤球等（可以选一种，也可以搭配使用）；第三格，如果是最后一格，则可以放泵和加热棒，如果不是，也可以放细菌屋等或是麦饭石；但是最后需要留一格放泵和加热棒。
底滤鱼缸的缺点：体积巨大一般得占用鱼缸底柜空间，并且对水泵要求比较高，功耗比较大，水泵必须和溢流配合妥当，否则有可能水漫金山或水泵干烧。所以，对技术水平要求略高。
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