1、法律性质不同。预告登记是一种不动产登记制度，属于民事制度。而商品房预售登记备案制度是由法律规定的行政管理措施，属于行政管理制度。
2、实际功能不同。预告登记制度的主要目的就是为了保障债权人将来能够实现物权，就预购商品房的预告登记而言就是为了使得预购人在预购的房屋办理了所有权初始登记之后，能够办理所有权转移登记，从而确定取得房屋的所有权。但是，商品房预售登记备案制度在行政上对预购人具有保护功能，有助于建设行政管理部门加强对房地产市场的监督管理，维护房地产市场的健康发展。
3、操作上的不同。预告登记必须是在双方有预告登记的约定之后才能申请。如果没有当事人的约定，任何人不得强制预购人或者预售人进行预购商品房的预告登记。预告登记原则上必须由双方共同申请，除非法律法规另有约定。而商品房预售登记备案制度是一种只针对房地产开发企业的强制性制度。
4、适用范围不同。预告登记的适用范围比商品房预售登记备案的适用范围广。根据规定，只要是当事人签订买卖房屋或者其他不动产物权的协议，为保障将来实现物权，都可以按照约定向登记机构申请预告登记。因此，在房屋的买卖、抵押和建设用地使用权的转让中都可以进行预告登记。但是，商品房预售登记备案制度只适用于商品房预售。
商品房预售备案登记并不具有法律效力，并不会对合同的效力产生影响。商品房预售合同登记备案是预售的程序之一，可以一定程度上防止一房二卖。根据规定，商品房预售，开发企业应当与承购人签订商品房预售合同。开发企业应当自签约之日起30日内，向房地产管理部门和市、县人民政府土地管理部门办理商品房预售合同登记备案手续。房地产管理部门应当积极应用网络信息技术，逐步推行商品房预售合同网上登记备案。商品房预售合同登记备案手续可以委托代理人办理。委托代理人办理的，应当有书面委托书。
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